A relevância do acervo do SPF também é demonstrada pelos cerca de 1.200 tipos nomenclaturais (espécime vegetal específico que é designado no momento da descrição de uma espécie nova) depositados aqui. 

O repositório do SPF também reúne 23 mil registros de algas marinhas, sendo considerado uma das maiores coleções da América Latina, 325 fotografias, 420 materiais em meio líquido, 460 registros em carpoteca, ou seja, uma coleção especializada de frutos e sementes secos e nove mil registros em xiloteca. 

Ademais, a coleção tem especial representatividade para as famílias das canelas-de-ema (Velloziaceae) e sempre-vivas (Eriocaulaceae), mas outras famílias de destaquem incluem a do feijão (Fabaceae), quaresmeiras (Melastomataceae), ipês (Bignoniaceae), café (Rubiaceae), goiaba (Myrtaceae), girassóis (Asteraceae), mandioca (Euphorbiaceae) e arruda (Rutaceae). 

Geograficamente, é possível notar o alto valor deste acervo para a flora da Cadeia do Espinhaço, com maior enfoque na Flora dos Campos Rupestres (abrangendo representates das vegetações serranas de Minas Gerais, Bahia, Goiás e Tocantins), e em especial da Serra do Cipó (MG).

Além da representatividade botânica e geográfica do acervo do Herbário SPF, destacam-se também as coleções de Wilson Hoehne e de Aylthon Brandão Joly. 

Wilson Hoehne era filho de Frederico Carlos Hoehne, fundador do Jardim Botânico de São Paulo e do Instituto de Botânica, criado junto a esse Jardim pela Secretaria de Agricultura do Estado de São Paulo. Mais tarde, já como professor da Faculdade de Farmácia da USP, Wilson Hoehne criou, em 1932, o herbário, composto fundamentalmente de amostras que ele próprio coletava em diversos bairros da cidade e em alguns municípios do interior paulista, sobretudo em Jales. A coleção elaborada por W. Hoehne e alguns colegas continha muitas plantas de interesse medicinal ou farmacológico, mas documentava também valiosos elementos de uma flora que foi desaparecendo com o rápido processo de urbanização da cidade. Há no acervo do SPF os testemunhos da vegetação nativa de campos, cerrados e matas que existiam em áreas como Cambuci, Congonhas, Vila Mariana e Avenida Paulista. 

Aylthon Brandão Joly,  por sua vez,  foi um dos primeiros docentes do Departamento de Botânica da USP formado na própria escola, e pioneiro no estudo de algas marinhas brasileiras. Além de seus numerosos trabalhos com as algas,  publicou em 1950 um amplo estudo fitogeográfico dos campos do Butantã,  área onde estava sendo instalado o campus da USP.  Com a transferência do herbário de W. Hoehne da Faculdade de Farmácia para este departamento do IB,  passou a estar associado ao rico acervo de amostras de algas compilado por Joly e seus discípulos, tendo sido unificada a numeração dos registros que somavam então cerca de 16 mil.  

Goro Hashimoto foi um migrante japonês, nascido na cidade de Kakegawa, que chegou ao Brasil em 1934, motivado principalmente pelo seu interesse em plantas e pelo fascínio pela vegetação brasileira. Goro Hashimoto foi organizador do herbário de mesmo nome que era até o seu falecimento, em 2008, no Centro de Pesquisas de História Natural (CPHN), localizado no bairro Itaquera.  

Em março de 2022 foi selado o acordo de doação da coleção Goro Hashimoto do CPHN ao Herbário SPF, e a transferência dos materiais perdurou até meados de 2024. Desde então, esse acervo tem sido processado no Herbário SPF e seus dados estão sendo disponibilizados online.  

A riqueza do acervo Goro Hashimoto é atestada pelas mais de 300 famílias representadas nas cerca de 43 mil plantas coletadas, entre os quais se destacam os registros da extinta flora do Parque Nacional de Sete Quedas, inundado com a criação da Represa de Itaipu, além de diversos registros de áreas hoje completamente urbanizadas da cidade de São Paulo.

Saiba mais sobre a coleção Goro Hashimoto nas notícias e vídeos abaixo: